国内医药软件多指应用在药品、医疗器械、设备、中药饮片等相关方面的应用软件管理系统。与其他物流一样，医药软件系统有着固定的流通性，但在医药产品中，受医药行业资深特质的要求，对医药产品的保存、流通、交易有着严格要求。在当前使用的计算机网络管理中，其主要由系统维护、日常业务、仓库、财务等四个部分组成，系统维护主要负责医药商品的种类识别、计量单位、生产厂家等一系列系统库的建立及数据维护，同时对系统使用部门、人员权限进行控制。

医药软件传统的经营模式就是“业务员跑单+内勤接单”，随着医药电商趋势的形成，不掌握电商的运营套路，未来在销售成本、人力成本、管理效率等将落后。很多医药批发企业，想要做好电商运营，但苦于不了解电商运营的岗位配置、流程配合，无法把电商运营做好。国内医药软件作为一个医药软件系统，已经提供了很多工具给到电商运营人员，但如果没有去使用好这些运营工具，电商系统的作用将发挥不出来。

第三方医药软件系统是指在药品供应链框架下建立的、具有相对完整的服务内容的专业平台。以社会服务为导向，以信息技术为基础，以现代物流设施与设备基于药物完善的保障体系为核心，为药品的生产、经营企业和医疗单位提供综合服务。目前社会物流企业开展第三方医药软件系统业务仍需取得GSP证书，同时药监局、商务部、交通部对于药品运输和使用环节还存在着监管盲区，随着实践的深入，相关政策会陆续出台。第三方医药物流企业需要密切关政策变化，做到合法合规运行。

医药软件系统解决方案可解决实际工作中的问题：在中国，开具销项税发票需要使用税务局指定的航天金税防伪税控开票系统（简称：金税系统），而企业所使用的ERP管理软件系统和金税系统相互独立，两者间缺少有效的数据共享接口，造成开票流程涉及大量的手工重复工作和多系统间的数据人工传递。同时，由于医药软件系统通常没有办法直接接收金税系统返回的发票信息，导致已开具的发票往往难以核查，销售与财务的报表数据常常对应不上，从而影响整个企业的业务管理流程。