第三方医药行业软件系统是指在药品供应链框架下建立的、具有相对完整的服务内容的专业平台。以社会服务为导向，以信息技术为基础，以现代物流设施与设备基于药物完善的保障体系为核心，为药品的生产、经营企业和医疗单位提供综合服务。目前社会物流企业开展第三方医药行业软件系统业务仍需取得GSP证书，同时药监局、商务部、交通部对于药品运输和使用环节还存在着监管盲区，随着实践的深入，相关政策会陆续出台。第三方医药物流企业需要密切关政策变化，做到合法合规运行。

国内医药行业软件要看这一款软件产品是否具备集成、开放及二次开发能力，是相当重要的！但是，很多中小企业管理者很容易忽略掉这个问题。有些中小企业在选购管理软件时，通常只考虑现在的需求，或者追求价格低廉，像这种情况，就需要求软件具有扩展性，并且要国内医药行业软件开发商具备二次开发能力。这样，企业以后有新需求时，只需根据新需求再开发新的管理模块，然后与现有的管理软件进行无缝结合即可；又或者，企业购买了其他品牌的其他功能模块，要能够与现有的品牌管理软件相结合，这就要求现有的管理软件具备兼容性和开放性。

随着企业发展壮大，企业会跟越来越多的第三方平台(如：天猫、京东、饿了么、微盟、e管家等)或者其他系统进行业务合作。为了提升工作效率，这些平台或系统就需要通过接口跟国内医药行业软件进行打通。而对接工作中，企业往往会遇到以下几个问题：1、上线平台多，成本高比如企业上了“微盟”、“e管家”、“天猫”、“京东”、“饿了么”等10个平台，跟ERP数据交互至少需要做10个国内医药行业软件。2、重复工作量大，效率低多数接口基本都有包括上传企业、职员、客户、商品、库存等基础信息，每对接一个接口，就要传一次该数据，无法进行数据复用。

医药行业软件系统解决方案可解决实际工作中的问题：在中国，开具销项税发票需要使用税务局指定的航天金税防伪税控开票系统（简称：金税系统），而企业所使用的ERP管理软件系统和金税系统相互独立，两者间缺少有效的数据共享接口，造成开票流程涉及大量的手工重复工作和多系统间的数据人工传递。同时，由于医药行业软件系统通常没有办法直接接收金税系统返回的发票信息，导致已开具的发票往往难以核查，销售与财务的报表数据常常对应不上，从而影响整个企业的业务管理流程。